JupyterLab
浏览器里的笔记本与计算环境，适合交互分析与可复现实验记录。
License BSD-3-Clause · Project Jupyter · 文档
Tools
工具目录
社区沉淀的软件卡片：合法安装来源、环境提示与常见坑。欢迎按贡献指南提交新的 YAML 工具卡。
可在线运行
矩阵+分组一键分析、NCBI 本机上传协助、场景化 AI 助手（需登录且具备会员权益）。
社区工具卡
按分类浏览；带门户路径的卡片可直接在线打开。
rnaseq · visualization · analysisnotebook · python bioinformatics · sequence ncbi · data-deposit · sraworkflow · bioinformatics literature · api writing · publishing bioinformatics · sequence literature · oa literature · desktop
转录组一键下游分析
上传表达矩阵，用彩色分组卡配置多组对照/实验；系统自动多对比差异分析、PCA、火山图、热图与上调/下调/多组维恩并打包（GO/KEGG 在有物种注释时启用）。
License Apache-2.0 · keyantong · 文档 · 可在线运行
NCBI BLAST+
序列相似性搜索套件，本地或 NCBI 服务器比对核酸/蛋白。
License Public Domain · NCBI · 文档
NCBI SRA 上传协助
填写 BioProject/BioSample/文库与文件清单等必要信息后，自动校验、对账文件名并生成 ascp 命令；私钥只在本机使用，不上传服务器。
License Apache-2.0 · keyantong · 文档 · 可在线运行
Nextflow
数据流 DSL 工作流引擎，适合可复现的生物信息与计算实验流水线。
License Apache-2.0 · Seqera · 文档
OpenAlex
开放学术图谱 API，可按题名/DOI 查作品、引用与被引，适合文献关系网。
License CC0-1.0 · OurResearch · 文档
Quarto
科学出版系统，用 Markdown/Jupyter 生成论文、网站与演示稿。
License GPL-2.0 · Posit · 文档
samtools
SAM/BAM/CRAM 读写与统计工具，测序数据处理的基础件。
License MIT · HTSlib · 文档
Unpaywall
按 DOI 查找出版社或仓储中的合法开放获取副本。
License MIT · OurResearch · 文档
Zotero
开源文献管理：抓取元数据、PDF 注释、CSL 引文与群组书目。
License AGPL-3.0 · Corporation for Digital Scholarship · 文档
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