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RNAseq

转录组一键下游分析

只需提供表达矩阵，在页面上用分组卡片（颜色、角色、样本芯片）配置对照与多个实验组。 系统自动跑多对比差异分析、PCA、火山图、热图，以及上调/下调与多组维恩；有物种注释时再做 GO/KEGG。

请先 登录 / 注册试用。

1. 表达矩阵

CSV/TSV，首列 gene_id，其余列为样本。上传后自动识别样本名。

2. 分组卡片

拖拽样本到卡片，或先点选卡片再点样本。每组可改名、角色与展示色。

未分配样本 · 拖到下方卡片，或点选卡片后点击样本
请先上传矩阵
展示色
拖拽样本到此，或点选后点样本
n=0 · 需 ≥2
展示色
拖拽样本到此，或点选后点样本
n=0 · 需 ≥2

对比选择（将实际运行）

配置对照 + 至少一个实验/自定义组后，可勾选 pairwise 对比。

3. 分析参数

DE 引擎、阈值、图题、DPI、色盲友好色板与导出格式均可调。

维恩模式

注释与富集说明

把 gene2go.tsv / gene2kegg.tsv 放到 services/rnaseq-pipeline/annotations/<species>/。demo/tryout 仅供冒烟，勿作生物学结论。

详见仓库 services/rnaseq-pipeline/annotations/README.md；本页锚点 #annotations。

主路径只需矩阵 + 此处分组与勾选对比。差异分析、可视化与维恩由系统自动完成并打包；结果含 methods.json 记录实际 DE 引擎。

登录后可查看本人任务历史与软配额。

本地 CLI（开发 / 离线）

cd services/rnaseq-pipeline
./smoke.sh
# 多组 JSON 配置
PYTHONPATH=. python3 -m keyantong_rnaseq \
  --matrix fixtures/tiny_matrix.csv \
  --groups fixtures/tiny_analysis.json \
  --outdir /tmp/rnaseq-out --species none